Un ceppo è stato scoperto nelle acque reflue di New York pochi giorni prima che il Sud Africa fosse dichiarato

La variante Omicron del coronavirus è stata scoperta nelle acque reflue di New York City pochi giorni prima che fosse ufficialmente annunciata in Sud Africa e una settimana prima che il primo caso fosse confermato negli Stati Uniti, secondo un rapporto dei Centers for Disease Control and Prevention.

I risultati di un rapporto del CDC di gennaio hanno mostrato che un residente di New York potrebbe avere una variante Omicron altamente trasmissibile quattro giorni prima che il Sud Africa lo dichiarasse preoccupante per la comunità internazionale il 25 novembre. È stato anche trovato nelle acque reflue della città 10 giorni prima che gli Stati Uniti segnalassero il primo caso confermato di Omicron il 1° dicembre.

I dati sulle acque reflue forniscono informazioni preziose sulla diffusione del coronavirus perché le persone infette lo versano nelle feci.

Gli scienziati raccolgono campioni di acque reflue, che vengono inviati a un laboratorio per il sequenziamento per determinare i livelli di virus in una comunità o città. Possono vedere nuove mutazioni del virus più spesso prima della diagnosi clinica o della conferma dei casi.

John Dennehy, professore di biologia al Queen’s College, City University di New York, studia l’evoluzione dei virus, l’ambiente e i virus emergenti nelle nuove popolazioni ospiti.

“La sorveglianza per SARS-CoV-2 è un modo efficace per determinare il livello di COVID-19 prevalente in una città”, ha detto Dennehy al China Daily. “Nelle città con fogne, tutti contribuiscono alle acque reflue, e quindi le acque reflue forniscono uno sguardo imparziale su Prevalenza SARS-CoV-2 Al contrario, la stima della prevalenza mediante test PCR positivi può non essere rilevata da individui infetti che non vedono cure mediche o test domiciliari.

Dalla metà del 2020, Denny fa parte del team di scienziati che monitorano ogni settimana le acque reflue di New York City per i livelli di coronavirus.

Il 21 novembre, il team ha raccolto un campione di acque reflue urbane e lo ha inviato per il sequenziamento per trovare virus due giorni dopo.

A dicembre, quando sono usciti i risultati, hanno “immediatamente riconosciuto” le mutazioni caratteristiche di una nuova variante come l’Omicron, proprio mentre faceva notizia a livello internazionale.

“C’è stato un divario tra il momento in cui abbiamo raccolto il campione di acque reflue e il momento in cui abbiamo ricevuto i dati di sequenziamento”, ha spiegato Denier. “Quando abbiamo ricevuto i dati della sequenza, la variante Omicron era appena apparsa nei notiziari e abbiamo subito appreso che Omicron era a New York City.

“Sebbene Omicron sia apparso chiaramente in Africa, questa scoperta indica una diffusione di Omicron nella comunità al momento del campionamento”.

Altri scienziati coinvolti nella raccolta dei dati sono Mark Johnson dell’Università del Missouri, Monica Trujillo del Queensboro Community College e Davida Smith della Texas A&M University.

Lo studio CDC di Omicron nelle acque reflue di New York non fornisce prove concrete che la variante fosse presente prima che fosse trovata altrove, e mentre le mutazioni erano presenti, la variante era frammentata e potrebbe non essere stata tutta sullo stesso genoma, il New York Tempi riportati.

Tuttavia, a novembre, ricercatori in California e Texas hanno trovato tracce della variante Omicron nelle acque reflue locali, indicando che era presente anche lì prima che diventasse ampiamente nota.

Alexandria Baum, ingegnere ambientale presso la Stanford University e autrice dello studio CDC, ha utilizzato test PCR in grado di rilevare una specifica mutazione in Omicron.

Ho ottenuto risultati per la specifica mutazione dell’omcron da due campioni raccolti in California, il 25 novembre a Merced e il 30 novembre a Sacramento.

aumento dei casi

A dicembre 2021, gli Stati Uniti hanno registrato un picco nei casi di Omicron che ha spinto le persone a affrettarsi ad acquistare i test PCR, esercitando maggiore pressione sugli ospedali.

A gennaio, il CDC ha stimato che il 99,5% di tutti i casi di COVID-19 fosse della variante Omicron. Ma è stato considerato meno probabile che la variante delta causi malattie gravi.

Il 16 febbraio, il direttore del CDC Rochelle Walinsky ha dichiarato durante un briefing alla Casa Bianca che i casi di Omicron stavano diminuendo.

A partire da lunedì, il COVID-19 ha causato più di 935.300 morti negli Stati Uniti, secondo la Johns Hopkins University, con una media di 2.200 morti al giorno.

L’anno scorso, poco dopo che il Sudafrica ha annunciato di aver scoperto la variante Omicron, l’Unione Europea, Israele, Singapore, la Gran Bretagna e gli Stati Uniti hanno vietato tutti i viaggi dal paese.

Anche i cittadini non statunitensi provenienti da otto paesi africani vicini – Botswana, Eswatini, Lesotho, Malawi, Mozambico, Namibia e Zimbabwe – sono stati banditi dai viaggi.

Il divieto di viaggio è stato criticato dal segretario generale dell’Onu Antonio Guterres, che lo ha definito “apartheid di viaggio”. Anche il presidente sudafricano Cyril Ramaphosa l’ha criticata.

Gli Stati Uniti hanno revocato il divieto di viaggio il 24 dicembre, dopo che i casi di Omicron hanno iniziato a crescere in patria e nel mondo.

Ora, con i casi di Omicron in diminuzione negli Stati Uniti, il CDC ha affermato di avere ancora in atto diverse misure per monitorare se i livelli del virus stanno aumentando o diminuendo nelle comunità a livello nazionale.

Una misura è il controllo delle acque reflue. Almeno 400 siti di prova in 212 comunità in tutto il paese stanno conducendo il monitoraggio delle acque reflue. I siti di test si espanderanno a 800 siti nelle prossime quattro settimane.

A febbraio, il CDC ha iniziato a pubblicare le informazioni online.

“I test nelle nostre acque reflue o nei sistemi fognari possono … fornire un preavviso di un aumento dei casi di COVID-19 per aiutare le comunità a prepararsi”, ha affermato Walinsky in una conferenza stampa alla Casa Bianca il 9 febbraio.